As pesquisas básicas nas áreas de virologia, e mais especificamente, retrovirologia, têm sido negligenciadas de certa forma no Brasil. Enquanto é notável um crescente esforço  em estudos epidemiológicos, há uma certa defasagem na pesquisa básica fundamental nas áreas de imunologia, biologia molecular, proteômica e filogenética. Nesse aspecto, o Núcleo visa o entendimento dos mecanismos básicos das patologias virais infecciosas, e também as virais não infecciosas, que incluem os Retrovírus Endógenos. Assim, essa proposta também irá estudar alguns aspectos pouco abordados em nosso meio, como a atividade dos retrovírus endógenos e seu papel na patogênese,  aspectos clínicos, psicossociais de pessoas vivendo com retrovírus (HIV, HTLV), interação entre retrovírus e reativação de vírus latentes durante infecções retrovirais. Os resultados obtidos com esse tipo de estudo deverão produzir ganhos no desenvolvimento de novos insumos, assim como servirão como bio-marcadores de progressão, controle dessas doenças e impacto na qualidade de vida. Nos aspectos epidemiológicos e evolutivos serão abordadas questões como mimetismo molecular, prevalência de STLV em primatas não-humanos, determinação da importância da diversidade do HIV no tropismo celular e estudos de variabilidade genética viral inter e intra-indivíduo.

No âmbito da pesquisa e tratamento de pacientes com HTLV, um dos principais focos desse Núcleo é promover a integração dos três principais centros de atendimento de pacientes com HTLV da cidade de São Paulo, A unificação desse sistema seria de beneficio mutuo. Na perspectiva dos mais de 1200 pacientes, que desfrutariam de um protocolo único e integrado, e também na perspectiva dos médicos e pesquisadores envolvidos, que se beneficiarão da obtenção de dados epidemiológicos e clínicos sobre a infecção pelo HTLV. Em ultima análise, essa integração dos centros de atendimento acabará proporcionando melhora na capacidade de intervenção, tanto na esfera prática, quanto nas estratégias de investigação de terapias mais resolutivas, ainda distantes.

Fundamentalmente, o  NAP-Retrovírus-USP  tem como proposta principal integrar  diversas linhas de pesquisa e  organizar processos que podem resultar em melhorias no cuidado à saúde de pessoas infectadas por retrovírus.  Além disso, o núcleo visa capacitar pessoal em aprimoramento de tecnologias de investigação e no cuidado aos pacientes com retroviroses. A visão complementar dos pesquisadores envolvidos oferecerá a oportunidade de, dentro de uma abordagem evolutiva e comparada, agregar conhecimentos básicos e avançados. Finalmente, a integração de diferentes expertises nas diversas áreas contribuirá para o desenvolvimento científico-tecnológico no país, o que pode permitir uma significativa melhora no atendimento clínico, diagnóstico e tratamento das pessoas vivendo com retrovírus.